بخش شیمی‌درمانی بیمارستان نیکان اقدسیه با هدف ارائه خدمات تخصصی به بیماران مبتلا به سرطان راه‌اندازی شده است. در این بخش، داروهای ضدسرطان تحت نظر مستقیم پزشکان فوق تخصص انکولوژی و پرستاران آموزش‌دیده تزریق می‌شوند. محیطی آرام و ایمن فراهم شده تا بیمار در طول فرایند درمان با کمترین میزان استرس و عارضه جانبی، داروی خود را دریافت کند. استفاده از داروهای استاندارد و تجهیزات مدرن، رعایت اصول کنترل عفونت، و پایش مداوم علائم حیاتی بیماران از مهم‌ترین ویژگی‌های این بخش است. همچنین تیم مراقبتی علاوه بر درمان جسمی، به حمایت روانی بیماران و خانواده‌هایشان نیز توجه ویژه دارد.